研究施設に鳴り響くアラーム、それは物質をデーター化して転送する「デジタイズ」技術の実験中に起こった事故だった。混乱する研究所員たちは必死に事態を収拾しようとするが、努力むなしく状況は悪化していく。そして、眩い閃光と共に突如として異空間への扉が現れるのであった!?それから数ヵ月後・・・現実世界に暮らす少年は、いつものように友人たちとゲーム「デジタルモンスター」を遊んでいた。その少年のもとに一通の謎のメールが届く。そのメールに添付された暗号を解いたとき、不思議な光に包まれ、少年はコンピュータネットワーク上に存在するという異世界「デジタルワールド」へと迷い込んでしまっていた・・・。 リアルとデジタルの相克!『亜生命体ヴィティウム編』 目覚めた少年の目の前に現れたアグモンと共に向かったはじまりの街で、長老ジジモンからデジモンが黒いオーラをまとい正気を失ってしまう「黒化現象」が頻発しているとのことを聞かされる。どうやらその原因は「ファイル島」での出来事やデータのすべてを記録している端末「メモリアルステラ」の機能が停止したことと関係しているらしい。現実世界へ帰るために手がかりを捜すべく、調査に向かった少年たちの前に現れた次元のゆがみから謎の生命体が現れるのであった! ムゲンに続く戦い!『慟哭のX抗体編』 人工生命体「ヴィティウム」の暴走により、デジタルワールドが不安定となる。それにより世界の安定を取り戻すべく、デジタルワールドのホストコンピュータ「イグドラシル」が活性化する!そしてイグドラシルはGIGOカンパニーによって封印されていた「ムゲンマウンテン」をエミュレートしてデジタルワールドを浄化すべく異分子を強制削除する「Xプログラム」をデジタルワールドへアンプし始めるのだった!! 世界を包む災厄!『策謀の魔王編』 ヴィティウムを撃破しつかの間の休息が訪れる。しかし現実世界でその様子を見ていた「四ノ宮リナ」は異変がまだ収まっていないことに気付く。その時、魔王「バルバモン」の仕掛けたプログラムが作動し、使っていた端末に吸い込まれ、リナはデジタルワールドへ連れ込まれてしまうのだった・・・!そして主人公たちの前にバルバモンが現れ、「デジタワー」の最上階からデジタルワールドの支配を宣言する。捕らえられていたリナの存在も明らかになり、少年たちはバルバモンの野望を阻止することを決意する!!